醫院始建于1881年，原名“惠世醫院”，為英國教會醫院。1973年整建制劃歸福建醫科大學，更名為福建醫科大學附屬第二醫院。醫院是福建省首批通過衛生部評審的四家三級甲等綜合醫院之一。醫院設鯉城和東海兩個院區，鯉城院區占地24.57畝，東海院區占地322.6畝；醫院編制床位2000張。呼吸與危重癥醫學科被列入國家臨床重點專科，介入呼吸病學、低視力康復、產前超聲醫學等亞專科躍入國內先進水平。免疫學和變態反應專業、皮膚病專業、超聲診斷專業、腫瘤科（中西醫結合）等專科被列入省級臨床重點專科。呼吸與危重癥醫學科、免疫風濕科、超聲醫學科、眼科、皮膚醫學美容、中西醫結合腫瘤科、生殖醫學等多個專科或亞專科處于省內領先水平。胃腸外科、甲乳外科、骨質疏松、脊柱外科、關節外科、肝膽胰外科、重癥醫學科、泌尿外科、婦產科、內分泌與代謝病科、心血管內科、神經內科、血液內科、腎臟內科、消化內科、腫瘤化療科、放射治療科等專科或亞專科處于省內領先水平。