中心是全供事業單位，設置辦公、人事保衛等公共科室4個，業務科室9個，具體包括：公衛監測科、傳染病科、寄生蟲病科、免疫規劃科、性艾防治科、地方病科、職業病防治科、衛生檢測檢驗中心和健教與慢性病防治所。南陽市疾控中心肩負著全市1050多萬人口的疾病預防控制工作，特別是作為國家“南水北調”中線工程的水源地，是河南省水質監測工作的重點地區。承擔著國家、省食品污染及有害因素監測、食源性疾病監測等檢測任務，是河南省食品安全風險監測網絡重點實驗室。病源實驗室承擔著全市各種常規、突發、新發傳染病檢測。目前中心實驗室建筑總面積2610平方米，包括理化實驗室870平方米，微生物與流病實驗室1740平方米，占單位建設總面積30.4%；中心現有萬級潔凈實驗室2個，共40平方米，二級生物安全實驗室(BSL-2) 5個，共240平方米，PCR實驗室(4個分區)1套共80平方米。