中心成立于2003年7月，是在原廈門市衛生防疫站的基礎上，整合廈門市結核病防治所、市健康教育所、市港口衛生防疫站、市性病防治辦、市腫瘤防治辦等單位組建而成的，加掛廈門市衛生檢測檢驗中心、廈門市慢性病防治中心、廈門市健康教育所、廈門市結核病防治所、廈門市職業病防治所等牌子，是廈門市政府舉辦的公益一類事業單位。中心現有辦公室、人事科、業務質量管理科、信息與設備科、急性傳染病預防控制科、免疫規劃科、公共衛生科、消毒與病媒傳染病預防控制科、慢性病與地方病預防控制科、結核病與艾滋病預防控制科、檢驗科、健康教育促進科、放射衛生與職業病科13個科室。中心主要從事基本公共衛生服務工作，主要職責：1.傳染病、寄生蟲病、地方病、非傳染性疾病等預防與控制；2.突發公共衛生事件和災害疫情應急處置；3.疫情及健康相關因素信息管理，開展疾病監測，收集、報告、分析和評價疾病與健康危害因素等公共衛生信息；4.健康危害因素監測與干預，開展食源性、職業性、放射性、環境性等疾病的監測評價和流行病學調查，開展公眾健康和營養狀況監測與評價，提出干預策略與措施；5.疾病病原生物檢測、鑒定和物理、化學因子檢測、評價；6.健康教育與健康促進，對公眾進行健康指導和不良健康行為干預；7.疾病預防控制技術管理與應用研究指導等。