中心的前身，福州市衛生防疫站成立于1952年7月，是全國第一批甲級防疫站，2003年12月更名為福州市疾病預防控制中心，公益一類事業單位,主要承擔:疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情報告及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測評價與干預、實驗室檢測分析與評價、健康教育與健康促進、技術管理與應用研究指導。中心成立以來,全面貫徹“預防為主”工作方針，加強全市傳染病和慢性病防控，有效應對各類突發公共衛生事件，有力保障各類重大活動，有序開展健康相關因素監測，全力為市民提供全方位全周期的健康保障和服務，為“健康福州”建設做出積極貢獻。先后榮獲全國衛生計生系統先進集體、全國疾病預防控制系統“百強支部”、全國結核病防治工作先進集體、全國絲蟲病防治先進集體、全國抗擊非典先進單位、全省衛生系統先進集體、福建省勞模工作室、福建省五一勞動獎狀、福建抗擊新冠先進集體，全省先進基層黨組織、福建省第十四屆文明單位等榮譽。